多爾袞直接掌管正白旗和鑲白旗，間接可以統領正黃旗和鑲黃旗，暗中還能控制鑲藍旗。可以說是控制了五旗，因此多爾袞大權在握，權傾朝野。

多爾袞掌管的旗有正白、鑲白、鑲黃和正黃四旗。其中，正白旗是多爾袞的私人旗，鑲白旗是由多爾袞和阿濟格共領的旗，鑲黃旗是阿濟格領的旗，正黃旗是多鐸領的旗 。

“上三旗”明確為鑲黃旗、正黃旗、正白旗，是為皇帝的親兵，由天子親領，主要負責紫禁城防務；餘下的正紅旗、鑲紅旗、正藍旗、鑲白旗、鑲藍旗，是為“下五旗”，由親王、貝勒等掌管，分別駐守各地。

正黃旗和鑲黃旗實際上是攝政王多爾袞指揮；而正白旗是多爾袞的嫡系部隊，鑲白旗是多爾袞的同胞弟弟把持，實際上也歸多爾袞；正藍旗，原來為四大貝勒之一的莽古爾泰所有；因為莽古爾泰獲罪，由太宗自將，順治初名義上的旗主為豫王之子多尼，實際上也是多爾袞；鑲藍旗完全屬於鄭親王濟爾哈朗；正紅旗為代善；鑲紅旗旗主為嶽託，為克勤郡王。