劇情是這樣，女總統的弟弟野心勃勃，是殺手組織的1號人物，這個組織把卡爾頓將軍（電影中的副局長）在伊拉克的女婿史蒂夫（即殺手13）洗腦，使其回美國後暗殺掉女總統，作為史蒂夫的妻子金，發現從伊拉克回來的丈夫性情大變，變得冷漠無情，成天都是搗鼓槍械，于是心生懷疑，想搞清楚丈夫身上到底發生了什麼，

並且把這一切告訴其父親卡爾頓將軍，經過一番調查，金髮現丈夫其實是殺手13，于是讓殺手13把其引進殺手組織，之後殺手13就刺殺了女總統，然後13被殺手組織追殺（這裡殺手組織以為13沒死，其實13已經在追殺過程中死了），于是卡爾頓將軍從特種部隊找了一個人，把這個人通過整容成他的女婿（即13，也就是電影的主角）來挖出殺手組織，卡爾頓找的這個人，

女總統的弟弟（殺手組織1號）應該是知道的，在1號知道卡爾頓的計劃之後（找人頂替13的計劃），于是打電話給殺手組織其他成員，叫他們不要殺死13，而是要留活口，這樣13殺掉了殺手組織其他許多成員，像瓦克斯，國防部長之類的，當然了主角本身個人能力也逆天。女總統的弟弟鏟除了組織其他人之後，就獨攬大權了，開始實行專制統治。

瓦克斯其實也是狂熱的獨裁分子，他聽命於1號，並且擁護1號，希望美國大力發展軍事力量，所以他到死都不知道他是被1號給坑死的，死的時候還為1號保守秘密。

卡爾頓將軍從特種部隊找人頂替13的時候，估計也嗅探到了1號的野心，於是乎將軍就順水推舟，一邊查案子，一邊幫助1號把其他人都清除掉，最後皆大歡喜。

葛布林總統從頭到尾一直被蒙在鼓裡。
只有可憐的主角，被人洗腦，自以為打敗了壞人，到頭來發現只是被人利用，幫助這幫壞人，打敗另一幫壞人。

十三密殺令主要講述：明朝嚴世藩（羅樂林）為排除異己楊繼盛，遂派出豢養的殺手“十三死肖”往楊家斬草除根。

楊家乃武林世家，十二死肖接連失手，藩最後唯有派出最厲害的第十三死肖“人”（錢小豪）執行任務。

適盛之子雲清（張兆輝）有事要赴武當，楊家無人能敵“人”之武功，慘遭滅門。

當“人”手刃身懷六甲的楊家媳婦時，天剛正亮，就在此刻“人”發生極大變化！原來“人”只能於夜間殺人，天亮便復現人性。