柯南人物的結局與人物好壞是有關系的，大致可以推理出琴酒、朗姆、烏丸蓮耶等反派被揭露並且受到懲罰，而主角們有比較好的結局。其中青山剛昌親自表示灰原哀結局是美好的。

柯南一直都沒有結局，所以人物好壞的結局就只有網友的推理：

第一種：柯南和他的同伴們在共同的努力下終於還是擊敗了黑衣組織，因此他們也拿到了可以使身體恢復原樣的解藥，可惜的是，當時他們在和黑衣組織交戰時刻，在危機的時候小哀為了保護柯南，因此幫他擋了致命的一槍，最終在搶救的時候無效死亡，柯南服下解藥後變成原來的樣子，最終和小蘭結婚，並且有了愛的結晶，他為了記著小哀，因此給自己孩子取名為“工藤志保"。

第二種：黑衣組織最終還是被擊敗了，但是在最終一戰中，柯南的頭部受了重傷，因此他喪失了全部的記憶，醫生告訴小蘭他們這種情況下是沒有辦法恢復的，小哀把事情的緣由完完整整的告訴了小蘭，其實柯南就是新一，她覺得沒必要讓他在恢復原來的樣子，他現在的這個樣子其實挺好，就讓他做一個無憂無慮的小學生吧，沒理由逼迫他去思索以前的事情，于是柯南還是叫柯南，他和他的那些小夥伴一起成長。

第三種：柯南他們在抓捕黑衣組織的時候，小蘭擔心他會有危險，于是便去幫忙，在去的途中遭到了黑衣組織的襲擊，小蘭遭遇了車禍，雖然生命是保住了，可是小蘭醒來時刻把全部記憶都忘記了，甚至於連自己爸爸都不認得，在昏迷的那段時間，她的腦海中一直有個高中生浮現在她的眼前，雖然不知道是誰，可她覺得那個人非常的重要，剿滅了黑衣組織之後，柯南覺得這一切都怪自己，于是他選擇默默地守護小蘭並幫她找回失去的記憶。

第四種：柯南他們最終還是擊敗了黑衣組織，可惜他們最終還是沒能拿到解藥，也就是說他可能永遠都不能回復工藤新一的身份了，柯南把這一切的一切從頭到尾告訴了小蘭，然後轉身哭著就跑開了，一個月過後，大家都以為這一切就這麼過去了，這天他的班級來了一個可愛萌萌的轉學生，此時的柯南內心仍未平靜下來，當他看到門口那個小女生之後，還是忍不住留下了眼淚，這個女孩直接走到了柯南的跟前抓住他的衣服，她那看不出來是高興還是傷心的臉上，她微笑的流著淚告訴柯南“你以後再也跑不掉了，我會死死地抓住你不放手”！