由於“北斗”衛星導航定位系統是雙星系統，因此，共使用者接收器只能測得二維（平面、2D）的定位資料。使用者若位於海平面上，因高度為零，可以直接求得三維（平面和高度、3D）的定位資料；但使用者若位於陸地或空中，就需要利用地面控制中心的數值地圖資料厙或使用者自備的測高儀才能求得使用者的高度，並進一步確定使用者的三維座標。若控制中心的數值地圖資料庫資料不夠準確，尤其是要拿到非本國的地理精確資料並不容易，定位出的位置資料就會有問題。

“北斗”衛星導航定位系統使用者的定位申請要送回地面控制中心，經由中心控制系統解算出使用者的三維位置資料之後再發回用戶。無線電訊號從地面發出，經衛星返回地面的上下行時間約為0.24~0.28秒，從使用者接收器應答測距訊號到接收定位結果，訊號經過兩次上下行鏈路的傳送，時間約需0.56秒，加上中心控制系統的計算時間，整個定位時間約需1秒鐘，即使用者接收器約可在1秒鐘完成定位。這1秒的定位時間對飛機、導彈這種高速運動的使用者嫌時間長，會加大定位的誤差，因此，若要利用“北斗”衛星導航定位系統進行精確定位，以車輛、船舶等慢速運動的使用者較適合。

由於“北斗”衛星導航定位系統的客戶端耍請求定位服務時，必須發出應答訊號，即“有源應答”，如果使用者是軍方單位就會使自身失人隱蔽性，且這個定位服務要求的訊號也可被敵方定位，而遭致攻擊。

另外，客北斗導航衛星的戰略應使用者端除了要和衛星一樣接收來自地面控制中心的詢問訊號，也要發出應答訊號，因此，整個系統的同一時間內服務使用者的數量便受使用者可使用的通訊頻率數量、詢問訊號速率和使用者的響應速率等條件的限制，所以“北斗”衛星導航定位系統的使用者裝置容量是有限的，每秒鐘只能容納150個使用者。雖然每個客戶端都有專用識別碼，不過一旦被破解，很容易使整個系統被敵人或有心人士以偽冒訊號加以飽和，使系統癱瘓或者是傳送假資訊，迷惑友軍。

由於“北斗”衛星導航定位系統中地面控制中心扮演著系統關鍵角色，如：承轉衛星資訊、解算使用者位置等，因此，一旦地面控制中心被毀，整個系統就不能運作了，這也是“北斗”系統的致命傷。

“北斗”衛星導航定位系統使用的衛星是同步軌道衛星，這意味著落地訊號功率很小，因此，使用者機需要有較大天線（直徑達20釐米）才能接收訊號，而且因“有源應答”運作方式，所以，使用者機還要包含發射機，因此在體積（普通型使用者機長20釐米、寬17.5釐米、高5.2釐米）、重量、耗電量，甚至價格都遠比GPS接收機來得大、重、耗電與貴，而且這麼大且重的使用者機，不要說是裝在導彈上，就是單兵使用都是一大負擔。