《明日戰記》海報
電影開始，張家輝飾演的李升少將和劉嘉玲飾演的譚冰上校，根據總部指令動用空軍部隊和機甲部隊聯合執行消滅外星入侵植物潘朵拉的任務。
泰來（古天樂）、鄭重生（劉青雲）、光仔（萬國鵬）作為空軍部隊主要人員，冒著有去無回的危險前往B16區，尋找潘朵拉母體，投擲基因子彈對其進行適合人類需要的改造。
空軍部隊和機甲部隊的行動時間只有三個小時，如果基因改造計劃失敗，那麼譚冰上校將會派出巨鯨轟炸機對有著16萬人口的B16區進行轟炸消滅，避免潘朵拉造成560萬人口的傷亡。
第一個明顯不符合邏輯的情節，明明還有三個小時對潘朵拉進行基因改造的時間，上校和少將卻一直強調直接實行B計劃，對有著16萬人口的B16區進行轟炸，有點不管人群死活、泯滅人性的感覺。
第二個明顯不符合邏輯的情節，電影字幕和上校說話配音中顯示B16區範圍14公里，14公里是長度範圍而不是面積範圍，本身應該是14平方公里才符合邏輯。當泰來和鄭重生問能否對人員進行疏散，上校的回答是疏散不了，宛如16萬人只能在裡面等死。就算是14公里的長度範圍，三個小時也走出來了，怎麼會疏散不了。
第三個明顯不符合邏輯的情節，泰來的戰機墜到地面以後，為了幫助隊員止血前往荒廢的醫院尋找止血針。在有很多兇殘吸咬人血的怪物的醫院裡面，無端端會有一個小女孩盼盼在裡面，情節插入與環境格格不入，太過於牽強。
第四個明顯不符合邏輯的情節，光仔不聽女友的勸告，要跟著去執行大概率有去無回的任務，這本身應該是一種勇於犧牲大無畏的精神。但是，電影在著墨上過多表達兒女情長的插曲，而且在執行任務過程中也表現了光仔懦弱的一面，人物形象感降低。
第五個明顯不符合邏輯的情節，光仔第一次說明機甲部隊全軍覆沒與軍用電波干擾有關，而光仔聽到以後竟毫無聯想，也沒有立刻告訴正在進行任務的任何人。後面知道是李升所為，每個人依然像是在等著別人來消滅的樣子，“你來殺我，我不管你”。
看完整部片後，很少能夠讓人覺得是科幻片，至少是一部鏤空的科幻片。機甲部隊一出場就全軍覆沒，“窮奇”、“刑天”在追擊時，像是蹩腳的機器人，腿腳不太利索，而且運用的武器也只有頭頂的加特林。穿上機甲的泰來、鄭重生，在搏鬥中手拿著與科幻感格格不入的劈刀和斧頭，儼然是原始戰爭武器與現代戰爭武器的簡單湊合。
此外，一位少將和上校就能夠決定16萬人的生死，真是滑天下之大稽。能夠釋放出氫氣的潘朵拉，為什麼不會自燃或自爆，變成釋放氧氣就不行嗎。鄭重生從橋上掉下去以後，按正常邏輯、情緒點來看，一定是必死無疑，為什麼又可以最後活著救了泰來，還到達潘朵拉母體投擲了基因子彈，完成基因改造計劃......
電影最大的主題，人與自然環境和諧共處，題材並不新穎，在特效上也沒有超越前人的鏡頭，離追求的科幻片還是有挺多差距