海軍艦隊作戰時，一定會有一艘軍艦作為旗艦，這個旗艦的任務就是協調和指揮整個艦隊的所有軍艦。對於航母艦隊來說，旗艦一般就是航空母艦，當然也會有特殊情況，比如二戰太平洋戰場上，斯普魯恩斯在指揮整個第五艦隊的時候，旗艦就是重巡洋艦“印第安納波利斯”號。

之所以一般會選擇航母作為旗艦，是因為艦隊指揮部包括的人員可不算少，少則數十人、多則上百人，這些人需要安排住宿、工作場所，需要不少空間，只有像航母這樣的大型軍艦才好安排。同時，指揮航母艦隊還需要使用大量的無線電通訊裝置，並且裝置的功率要大、通訊距離要遠，這些也只有大型軍艦才有。在航母艦隊中，能滿足這些條件的一般也只有航母或者戰列艦。而出於和艦隊戰鬥力核心——航母的聯絡方便，選擇航母作為旗艦無疑具備各種優勢。

那麼，具體怎麼指揮呢？作為旗艦時，航母上一般就會有兩個作戰指揮中心，其中一個是本艦的指揮中心，另一個就是艦隊指揮中心。艦隊司令就會在後一個指揮中心內對整個艦隊進行指揮。他使用的主要工具包括：通訊裝置、海圖、標圖板等。現代作戰對資訊化的要求更高，也就需要更多的信息化裝置，以及完整的作戰指揮系統裝置。

一般來說，基本的指揮流程是：艦隊司令接受上級命令——根據要求擬定本艦隊的作戰方案——召集艦隊所屬各艦艦長開會部署任務——開始執行任務——透過通訊裝置和各艦簡章保持聯絡，同時透過觀測裝置了解敵我各單位的位置、狀態等——根據戰況調節作戰方案——透過通訊裝置向各艦艦長發布新的方案和命令……

簡單地說，航母艦隊協同作戰的指揮就是這個流程。

航母是整個航母編隊的核心，而且航母在艦隊中居於核心指揮的位置。並且整個艦隊就是依託航母進行作戰。航母上的艦載機說白了就是航母戰鬥的利器，這就是航母的殺手鐧，艦載機搭載航母，航母為其提供一個海上作戰平臺。這樣就增加了我們攻擊的機動性。但是航母艦隊在協同作戰時，是怎樣指揮其他艦船的呢？

我們看美國的航母編隊就能從中瞭解到一些情況，美國的航母編隊他的各艦長，包括航空母艦的艦長基本上都是上校軍銜，其他艦艇也一般是艦長，那麼打起仗來怎麼指揮呢？

一般來講是這樣，一般是由另外一個少將軍銜的來統一協調指揮戰鬥。不然，容易出現推諉責任的情況。畢竟，本身我們在平常訓練的時候也沒有明確的隸屬關系，打起仗來，你要來指揮戰鬥，其他戰艦也不服氣。當然了，這個少將，就是編隊指揮官。

由CCSG負責整個航母編隊的訓練、作戰，而且作戰時，對相關任務分工較為明確，比如，打擊指揮官，這個主要由空軍來擔任。還有防空指揮官，這個他主要對整個編隊的防空進行部署。

所以說，打起仗來，在航母編隊中負有指揮權的其實是艦隊司令，而不是航母艦長。但當然了，艦隊司令通常也就在航母上。