我只是知道，所謂的達爾文進化論，在外國有質疑的聲音，非常多事實不能解釋。中國喜歡唯一，喜歡官方至高論調，拿回來翻譯了就說是至高理論，一點都不懷疑，不去論證，什麼都冠以偉大的，有時候偉大的也會錯誤。達爾文的時代很早期，他一輩子也沒有踏足過中國，可以說他眼光短淺，中國有龍有鳳凰，也有妖怪有惡鬼，也有神奇的功夫和醫學，盅術，如果他看見了，該分類到什麼門什麼科裡面。在我看來，進化論現代還需要論證，別人雲亦云，一點懷疑精神也沒有，當不了學者。

二十世紀頭三十年出現的“綜合進化論”，或者說“現代進化綜論（modern synthetic theory of evolution）”，最重大的突破在於將達爾文進化論的核心宏觀機制（自然選擇）與孟德爾遺傳學的核心微觀機制（基因遺傳）相結合，構成一個融貫互補的、具有強大解釋力的理論框架。

與同時代其它對物種演化的解釋相比，達爾文自然選擇理論最獨到之處在於其“非目的論”的底色。比如拉馬克就認為，生物體中天然存在某種追求更高複雜度的內在驅動力（並且他猜測這種驅動力儲存於神經系統某處，比如腦脊液中），令各個物種均得以自我調適，逐漸從簡單形態演化為複雜形態。受這種“定向演化論（orthogenesis）”的思維影響，拉馬克相信不同物種之間不必存在共同祖先，每個物種的先祖均可從自然界獨立地自發誕生和自我完善；同時，著名的“獲得性狀遺傳”概念（俗稱“用進廢退”），也可以順理成章地從“內在驅動力”的角度來解釋。

與拉馬克以及當時絕大多數生物學家相反，達爾文堅持認為演化是無目的、無方向的，而自然選擇就是使這種無目的、無方向的演化得以可能的機制（與此同時，他的自然選擇理論也包含了共同祖先、漸變演化等重要組成部分）。《物種起源》等著作出版後，由於其中記載的諸多翔實證據，“物種演化”的觀念本身很快被科學界及公眾接受，但“自然選擇”這一具體機制卻頻遭挑戰。一個原因是目的論思維實在太深入人心，另一個原因便是受當時遺傳學研究水平的限制，達爾文無力提出一個與自然選擇相配套的、有說服力的微觀解釋機制。

達爾文猜測，生物細胞可以產生一種他稱為“基沫（gemmule）”的物質，這種物質攜帶親代的全套遺傳資訊，隨體液迴圈後進入生殖系統，從而將親代性狀遺傳給子代。“基沫”假說避免了拉馬克式“內驅力”的目的論色彩，卻未脫“融合遺傳（blending inheritance）理論”的窠臼（融合遺傳是當時主流的遺傳學假說，認為子代性狀是親代性狀的融合；一個直觀的例子是白人和黑人結婚生下中間膚色的子女）。達爾文很清醒地認識到，融合遺傳無法解釋自然選擇下適應的高度多樣化與新物種的形成，是其理論的軟肋所在。同時，缺乏確鑿的微觀解釋，也讓他不敢貿然排除“獲得性狀遺傳”的可能性，只能假定自然選擇是主要機制、獲得性狀遺傳是次要機制。

由於自然選擇理論其時尚不具備令人信服的配套微觀解釋，因此在十九世紀的最後二十年，達爾文主義在生物學界並不流行，“定向演化論”的各種變體、新拉馬克主義（將“獲得性狀遺傳”視為核心演化機制）、“躍變演化論”（反對自然選擇理論的漸變演化立場，認為演化的核心機制是各個物種內部的階段性大規模變異）等替代假說相對而言佔了上風。這段時間也常被史家稱為“達爾文主義日蝕期（the eclipse of Darwinism）”。

孟德爾遺傳學的提出與接受（包括二十世紀初染色體的發現等），意味著“顆粒遺傳理論”（每個基因作為獨立“顆粒”，只攜帶部分而非全套遺傳資訊）取代了“融合遺傳理論”，衍生出等位基因、染色體重組、基因突變、表型與基因型差異等概念，既推翻了“獲得性狀遺傳”的假說，又令物種形成、表型多樣性、漸變演化等以往對自然選擇理論來說較為棘手的問題得以從微觀層面獲得解釋；同時，透過從群體遺傳學的角度將“演化”重新定義為“群體內部等位基因頻次的變化”，達爾文進化論也獲得了更為嚴謹的表述。

當然，此時的綜合進化論，提供的微觀解釋尚不完備，關鍵環節之一還有待接下來DNA結構的發現、分子生物學的發展來補足；而二十世紀後半葉發育進化論等領域的進展，也被一些人認為是進化論的“第二次綜合”。但綜合進化論的提出，作為非目的論式演化學說第一次建立起從宏觀到微觀融為一體的可靠框架，無疑具有極其重大的意義。