正常開票記賬：
借：原材料
應交稅金——進項稅
貸：應付賬款——N公司
現在的問題是N公司沒有給你們發票，未來有不開票的可能，怎麼辦？
待抵扣稅金——N公司
這裡的待抵扣稅金是自創科目，可以把它當成往來類專案，如其他應收款之類，報表上歸到其他流動資產也可以，意思是N公司有發票沒開過來，所以要記上，以後開票了就往應交稅金上轉，如果沒開就算N公司的欠款，要與它的應付款對沖後才能結算。
至於法院要付的40萬，只要不超過沒抵扣的稅金範圍就可以正常支付
借：應付賬款——N公司
貸：銀行存款
我覺得題主也清楚怎麼回事，但不知道賬務怎麼處理。就是正常表達沒問題，但換成會計語言就不知道怎麼表述了，上面的會計分錄就是一種會計語言，相當於把沒開票的業務翻譯了一下。
借管理費用
貸其他應付款
銀行存款
借其他應付款
貸銀行存款
正常開票記賬：
借：原材料
應交稅金——進項稅
貸：應付賬款——N公司
現在的問題是N公司沒有給你們發票，未來有不開票的可能，怎麼辦？
借：原材料
待抵扣稅金——N公司
貸：應付賬款——N公司
這裡的待抵扣稅金是自創科目，可以把它當成往來類專案，如其他應收款之類，報表上歸到其他流動資產也可以，意思是N公司有發票沒開過來，所以要記上，以後開票了就往應交稅金上轉，如果沒開就算N公司的欠款，要與它的應付款對沖後才能結算。
至於法院要付的40萬，只要不超過沒抵扣的稅金範圍就可以正常支付
借：應付賬款——N公司
貸：銀行存款
我覺得題主也清楚怎麼回事，但不知道賬務怎麼處理。就是正常表達沒問題，但換成會計語言就不知道怎麼表述了，上面的會計分錄就是一種會計語言，相當於把沒開票的業務翻譯了一下。