“晉朝司馬家族被屠殺乾淨”這個說法本身就不嚴謹，實際上西晉滅亡時，主要是晉武帝司馬炎和齊王司馬攸兄弟二人絕嗣，也就是晉文帝司馬昭這一脈也斷絕了，因為晉文帝司馬昭的大哥晉景帝司馬師與自己兩個妻子夏侯徽和羊徽瑜都沒有生兒子，同時晉景帝司馬師和晉文帝司馬昭兄弟的同母弟——平原王司馬乾的兒孫也在西晉滅亡時被漢國昭武帝劉聰所殺，所以晉宣帝司馬懿與宣穆皇后張春華所生的兒子都沒有後裔流傳下來。因為晉愍帝司馬鄴為晉武帝司馬炎的孫子，同時晉愍帝司馬鄴也是西晉最後一位皇帝，所以當晉愍帝司馬鄴被漢國昭武帝劉聰殺死於漢國首都平陽後，晉武帝司馬炎就算徹底絕嗣了，不過西晉旁系有不少人還是成功逃跑到東晉的。比如說晉宣帝司馬懿有一個弟弟——東武城王司馬馗，他有一系是這樣的：
1、東武城王司馬馗生彭城王司馬權（彭城王司馬權與晉景帝司馬師、晉文帝司馬昭同輩）；
2、彭城王司馬權生彭城王司馬植（彭城王司馬植與晉武帝司馬炎同輩）；
3、彭城王司馬植生彭城王司馬釋（彭城王司馬釋與晉惠帝司馬衷、晉懷帝司馬熾、晉元帝司馬睿同輩）；
4、彭城王司馬釋生樂城王司馬欽（樂城王司馬欽與晉愍帝司馬鄴、晉明帝司馬紹、晉簡文帝司馬昱同輩）
5、樂城王司馬欽生河間王司馬曇之（河間王司馬曇之與晉成帝司馬衍、晉康帝司馬嶽、晉孝武帝司馬曜同輩。）
6、河間王司馬曇之生司馬國璠、司馬叔璠（司馬國璠和司馬叔璠與晉穆帝司馬聃、晉哀帝司馬丕、晉廢帝司馬奕、晉安帝司馬德宗、晉恭帝司馬德文同輩）。
因為當彭城王司馬釋和司馬欽父子在世的時候正直西晉永嘉年間（公元307年到公元312年），所以他們大概在這一時期逃跑到東晉首都建康城，投奔晉元帝司馬睿的。東晉太元年間（公元376年到公元396年），因為前秦天王苻堅多次派遣大軍南侵東晉的彭城、下邳、襄陽、淮陰、淮淝等地，所以晉孝武帝司馬曜曾經派遣自己的堂兄弟河間王司馬曇之到前線，協助冠軍將軍謝玄和龍襄將軍劉牢之等人抵抗前秦天王苻堅的入侵。東晉末年，因為東晉豫章公劉裕開始針對一些威望比較高的東晉宗室成員下手，所以司馬國璠和司馬叔璠兄弟就跟著當時的荊州刺史司馬休之一起先後投奔了後秦皇帝姚興、夏武烈帝赫連勃勃、北魏明元帝拓跋思。據說東晉河間王司馬曇之的一個孫子——司馬道賜還是暗殺東晉江州刺史劉敬宣的兇手（劉敬宣是劉牢之的兒子），從上面這個例子可以證明，至少晉宣帝司馬懿的弟弟——彭城王司馬馗一系在北魏留下了後裔。
雖然宋武帝劉裕在篡晉的過程中，的確迫害過晉元帝司馬睿的子孫，比如晉元帝司馬睿的曾孫、晉簡文帝司馬昱的孫子、晉孝武帝司馬曜的兩個兒子——晉安帝司馬德宗和晉恭帝司馬德文兄弟，以及晉元帝司馬睿的玄孫、武陵王司馬晞的曾孫、梁王司馬㻱的孫子、梁王司馬和的兒子——梁王司馬珍之，但是宋武帝劉裕的確沒有將晉元帝司馬睿的後裔趕盡殺絕，比如說晉元帝司馬睿另外一個玄孫，武陵王司馬晞的另外一個曾孫——臨川王司馬寶，當宋武帝劉裕篡東晉，建立劉宋後，不僅沒有殺死東晉臨川王司馬寶，還將臨川王司馬寶改封為西豐侯，拜為金紫光祿大夫，劉宋西豐侯司馬寶一系在劉宋、蕭齊時期應該也是活得好好的，因為這樣的原因，所以可以說晉元帝司馬睿真的比他的伯伯晉武帝司馬炎要幸運多了。
晉元帝司馬睿見諸史冊的共有六個兒子，豫章君荀氏生晉明帝司馬紹和琅琊王司馬裒，因為琅琊王司馬裒很早就去世了，所以並沒有留下後裔，而晉明帝司馬紹與明穆皇后庾文君生下晉成帝司馬衍和晉康帝司馬嶽兩個兒子，因為晉成帝司馬衍與周貴人所生的長子――晉哀帝司馬丕無子，而他們的次子――晉廢帝司馬奕雖然生了一個兒子，但是這個男嬰也很早就夭折了，所以晉成帝司馬衍一系自然而然斷絕了，又因為晉康帝司馬嶽與康獻皇后褚蒜子只生了一個兒子——晉穆帝司馬聃，同時晉穆帝司馬聃也沒有兒子，所以晉明帝司馬紹一系斷絕或許真的是天意了。
另外，晉元帝司馬睿與愛妃鄭阿春又生了――晉簡文帝司馬昱和琅琊王司馬煥兄弟二人，因為琅琊王司馬煥在兩歲的時候就去世了，所以他也沒有留下後裔，雖然晉簡文帝司馬昱與自己的妃子王簡姬、李陵容等共生有七個兒子，但是因為其中除了晉孝武帝司馬曜一個兒子有生兒子之外，其他幾個也都沒有，比如說晉簡文帝司馬昱的一個兒子——臨川王司馬鬱去世的時候沒有兒子繼承他的爵位，於是晉孝武帝司馬曜只能把武陵王司馬晞的曾孫司馬寶過繼了臨川王司馬鬱，所以說晉簡文帝司馬昱一系也自然很難保下來了。雖然晉孝武帝司馬曜與寵妃陳歸女生有兩個兒子——晉安帝司馬德宗和晉恭帝司馬德文兄弟，但是因為這兩個兒子也沒有生兒子，所以晉孝武帝司馬曜一系可以說也是自然斷絕的了。
除此之外，晉元帝司馬睿與石婕妤、王才人又生了兩個兒子，分別是——東海王司馬沖和武陵王司馬晞兄弟。因為東海王司馬衝也是年幼的時候就去世了，所以他也沒有留下兒子，於是唯一可以保住晉元帝司馬睿一系的就只剩下——武陵王司馬晞了。武陵王司馬晞生了三個兒子，其中比較重要的兩個兒子是——武陵王司馬遵和梁王司馬㻱兄弟。雖然武陵王司馬晞在晉簡文帝司馬昱時期被南郡公桓溫廢為庶民，但是當豫章公劉裕打敗大楚皇帝桓玄後，仍然請武陵王司馬晞的兒子武陵王司馬遵以晉安帝司馬德宗叔叔的身份做輔政大臣。武陵王司馬遵去世後，他的爵位由他的兒子司馬季度繼承，司馬季度去世後，又由司馬季度的兒子司馬球之繼承，雖然宋武帝劉裕篡位後，廢了司馬球之的武陵王爵位，但是因為史書並沒有記載司馬球之死於非命，所以司馬球之也可能是以庶民身份隱匿民間了。另外因為梁王司馬㻱的孫子司馬珍之最終被宋武帝劉裕殺死在後秦首都長安，同時遇害的還有東晉宗室——西陽王司馬珣之，所以梁王司馬㻱也就算絕嗣了。
至於題主所說的是不是“活該被屠殺乾淨”的問題，這個就仁者見仁智者見智了，魏晉南北朝時期，除了魏武帝曹操的後人比較幸運，出了劉宋開國功臣陳留王曹虔嗣之外，請問有幾個國家的皇室成員是沒有被“被屠殺乾淨”的呢？相比之下，西晉、東晉、劉宋（有逃跑到北魏的劉昶一系）、蕭梁、北魏、北齊這種仍然有旁系保留下來的皇室，真的已經很幸運了。特別是作為東晉開國皇帝的晉元帝司馬睿，他的玄孫司馬寶，以及司馬寶的子孫還能在劉宋、蕭齊時期安然無恙，這樣的幸運在歷史上又有幾個開國皇帝的後裔敢奢望呢？
“晉朝司馬家族被屠殺乾淨”這個說法本身就不嚴謹，實際上西晉滅亡時，主要是晉武帝司馬炎和齊王司馬攸兄弟二人絕嗣，也就是晉文帝司馬昭這一脈也斷絕了，因為晉文帝司馬昭的大哥晉景帝司馬師與自己兩個妻子夏侯徽和羊徽瑜都沒有生兒子，同時晉景帝司馬師和晉文帝司馬昭兄弟的同母弟——平原王司馬乾的兒孫也在西晉滅亡時被漢國昭武帝劉聰所殺，所以晉宣帝司馬懿與宣穆皇后張春華所生的兒子都沒有後裔流傳下來。因為晉愍帝司馬鄴為晉武帝司馬炎的孫子，同時晉愍帝司馬鄴也是西晉最後一位皇帝，所以當晉愍帝司馬鄴被漢國昭武帝劉聰殺死於漢國首都平陽後，晉武帝司馬炎就算徹底絕嗣了，不過西晉旁系有不少人還是成功逃跑到東晉的。比如說晉宣帝司馬懿有一個弟弟——東武城王司馬馗，他有一系是這樣的：
1、東武城王司馬馗生彭城王司馬權（彭城王司馬權與晉景帝司馬師、晉文帝司馬昭同輩）；
2、彭城王司馬權生彭城王司馬植（彭城王司馬植與晉武帝司馬炎同輩）；
3、彭城王司馬植生彭城王司馬釋（彭城王司馬釋與晉惠帝司馬衷、晉懷帝司馬熾、晉元帝司馬睿同輩）；
4、彭城王司馬釋生樂城王司馬欽（樂城王司馬欽與晉愍帝司馬鄴、晉明帝司馬紹、晉簡文帝司馬昱同輩）
5、樂城王司馬欽生河間王司馬曇之（河間王司馬曇之與晉成帝司馬衍、晉康帝司馬嶽、晉孝武帝司馬曜同輩。）
6、河間王司馬曇之生司馬國璠、司馬叔璠（司馬國璠和司馬叔璠與晉穆帝司馬聃、晉哀帝司馬丕、晉廢帝司馬奕、晉安帝司馬德宗、晉恭帝司馬德文同輩）。
因為當彭城王司馬釋和司馬欽父子在世的時候正直西晉永嘉年間（公元307年到公元312年），所以他們大概在這一時期逃跑到東晉首都建康城，投奔晉元帝司馬睿的。東晉太元年間（公元376年到公元396年），因為前秦天王苻堅多次派遣大軍南侵東晉的彭城、下邳、襄陽、淮陰、淮淝等地，所以晉孝武帝司馬曜曾經派遣自己的堂兄弟河間王司馬曇之到前線，協助冠軍將軍謝玄和龍襄將軍劉牢之等人抵抗前秦天王苻堅的入侵。東晉末年，因為東晉豫章公劉裕開始針對一些威望比較高的東晉宗室成員下手，所以司馬國璠和司馬叔璠兄弟就跟著當時的荊州刺史司馬休之一起先後投奔了後秦皇帝姚興、夏武烈帝赫連勃勃、北魏明元帝拓跋思。據說東晉河間王司馬曇之的一個孫子——司馬道賜還是暗殺東晉江州刺史劉敬宣的兇手（劉敬宣是劉牢之的兒子），從上面這個例子可以證明，至少晉宣帝司馬懿的弟弟——彭城王司馬馗一系在北魏留下了後裔。
雖然宋武帝劉裕在篡晉的過程中，的確迫害過晉元帝司馬睿的子孫，比如晉元帝司馬睿的曾孫、晉簡文帝司馬昱的孫子、晉孝武帝司馬曜的兩個兒子——晉安帝司馬德宗和晉恭帝司馬德文兄弟，以及晉元帝司馬睿的玄孫、武陵王司馬晞的曾孫、梁王司馬㻱的孫子、梁王司馬和的兒子——梁王司馬珍之，但是宋武帝劉裕的確沒有將晉元帝司馬睿的後裔趕盡殺絕，比如說晉元帝司馬睿另外一個玄孫，武陵王司馬晞的另外一個曾孫——臨川王司馬寶，當宋武帝劉裕篡東晉，建立劉宋後，不僅沒有殺死東晉臨川王司馬寶，還將臨川王司馬寶改封為西豐侯，拜為金紫光祿大夫，劉宋西豐侯司馬寶一系在劉宋、蕭齊時期應該也是活得好好的，因為這樣的原因，所以可以說晉元帝司馬睿真的比他的伯伯晉武帝司馬炎要幸運多了。
晉元帝司馬睿見諸史冊的共有六個兒子，豫章君荀氏生晉明帝司馬紹和琅琊王司馬裒，因為琅琊王司馬裒很早就去世了，所以並沒有留下後裔，而晉明帝司馬紹與明穆皇后庾文君生下晉成帝司馬衍和晉康帝司馬嶽兩個兒子，因為晉成帝司馬衍與周貴人所生的長子――晉哀帝司馬丕無子，而他們的次子――晉廢帝司馬奕雖然生了一個兒子，但是這個男嬰也很早就夭折了，所以晉成帝司馬衍一系自然而然斷絕了，又因為晉康帝司馬嶽與康獻皇后褚蒜子只生了一個兒子——晉穆帝司馬聃，同時晉穆帝司馬聃也沒有兒子，所以晉明帝司馬紹一系斷絕或許真的是天意了。
另外，晉元帝司馬睿與愛妃鄭阿春又生了――晉簡文帝司馬昱和琅琊王司馬煥兄弟二人，因為琅琊王司馬煥在兩歲的時候就去世了，所以他也沒有留下後裔，雖然晉簡文帝司馬昱與自己的妃子王簡姬、李陵容等共生有七個兒子，但是因為其中除了晉孝武帝司馬曜一個兒子有生兒子之外，其他幾個也都沒有，比如說晉簡文帝司馬昱的一個兒子——臨川王司馬鬱去世的時候沒有兒子繼承他的爵位，於是晉孝武帝司馬曜只能把武陵王司馬晞的曾孫司馬寶過繼了臨川王司馬鬱，所以說晉簡文帝司馬昱一系也自然很難保下來了。雖然晉孝武帝司馬曜與寵妃陳歸女生有兩個兒子——晉安帝司馬德宗和晉恭帝司馬德文兄弟，但是因為這兩個兒子也沒有生兒子，所以晉孝武帝司馬曜一系可以說也是自然斷絕的了。
除此之外，晉元帝司馬睿與石婕妤、王才人又生了兩個兒子，分別是——東海王司馬沖和武陵王司馬晞兄弟。因為東海王司馬衝也是年幼的時候就去世了，所以他也沒有留下兒子，於是唯一可以保住晉元帝司馬睿一系的就只剩下——武陵王司馬晞了。武陵王司馬晞生了三個兒子，其中比較重要的兩個兒子是——武陵王司馬遵和梁王司馬㻱兄弟。雖然武陵王司馬晞在晉簡文帝司馬昱時期被南郡公桓溫廢為庶民，但是當豫章公劉裕打敗大楚皇帝桓玄後，仍然請武陵王司馬晞的兒子武陵王司馬遵以晉安帝司馬德宗叔叔的身份做輔政大臣。武陵王司馬遵去世後，他的爵位由他的兒子司馬季度繼承，司馬季度去世後，又由司馬季度的兒子司馬球之繼承，雖然宋武帝劉裕篡位後，廢了司馬球之的武陵王爵位，但是因為史書並沒有記載司馬球之死於非命，所以司馬球之也可能是以庶民身份隱匿民間了。另外因為梁王司馬㻱的孫子司馬珍之最終被宋武帝劉裕殺死在後秦首都長安，同時遇害的還有東晉宗室——西陽王司馬珣之，所以梁王司馬㻱也就算絕嗣了。
至於題主所說的是不是“活該被屠殺乾淨”的問題，這個就仁者見仁智者見智了，魏晉南北朝時期，除了魏武帝曹操的後人比較幸運，出了劉宋開國功臣陳留王曹虔嗣之外，請問有幾個國家的皇室成員是沒有被“被屠殺乾淨”的呢？相比之下，西晉、東晉、劉宋（有逃跑到北魏的劉昶一系）、蕭梁、北魏、北齊這種仍然有旁系保留下來的皇室，真的已經很幸運了。特別是作為東晉開國皇帝的晉元帝司馬睿，他的玄孫司馬寶，以及司馬寶的子孫還能在劉宋、蕭齊時期安然無恙，這樣的幸運在歷史上又有幾個開國皇帝的後裔敢奢望呢？